У животных главного нью-йоркского зоопарка нет повода жаловаться на жизнь. Они пользуются популярностью у всего города, за ними ухаживают и обильно кормят. Но зебре Марти такая стабильность со временем наскучивает. В свой день рождения он осознаёт, что хочет жить среди дикой природы. Однако его друзья - звезда зоопарка лев Алекс, жираф-ипохондрик Мелман и бегемотиха Глория - и слышать об этом не хотят. Они ничего не знают о мире за пределами вольеров, и их это вполне устраивает. Несмотря на скептицизм товарищей, в ту же ночь Марти сбегает. Алекс, Мелман и Глория замечают исчезновение друга и отправляются вернуть его. Вместе с ними из зоопарка убегают две обезьяны, а также группа пингвинов, которая давно планировала возвращение в родную Антарктику. В скором времени всех зверей ловят, обезвредив дротиками со снотворным. Произошедшее наделало много шума, и борцы за права животных добиваются того, чтобы беглецов немедленно отправили в естественную среду обитания. Друзья просыпаются в заколоченных ящиках на корабле, плывущем в африканский заповедник. Однако оказавшиеся на судне пингвины меняют курс на Антарктику. В результате резкого поворота, ящики с животными оказываются за бортом. Алекс, Марти, Мелман и Глория не подозревают, что волны несут их к диким берегам Мадагаскара...