По мотивам популярного шпионского анимационного телесериала. 2415 год. После того как смертоносный вирус уничтожил девяносто процентов всего населения Земли, оставшиеся в живых собираются в городе-государстве, защищенном специальным куполом. Этим последним на планете людским пристанищем управляют потомки Тревора Гудчайлда, 400 лет назад открывшего вакцину против этой страшной болезни. Им кажется, что они создали идеальное общество будущего. Но находятся и те, кто бросает вызов системе. Подпольная организация "Моника" ведет подрывную деятельность против правительства, и одна из лучших агентов Эон Флакс получает задание убить его председателя. Однако, виртуозно проникнув в апартаменты тирана, Эон неожиданно решает пощадить его...