Несмотря на победу над лидером ниндзя Клана Фут Шреддером и спасение Нью-Йорка, четверо братьев мутантов-черепах - Леонардо, Донателло, Микеланджело и Рафаэль - не решаются заявить людям о своем существовании и скрываются в канализации. Их подруга журналистка Эйприл О'Нил сообщает, что взломала компьютер гениального ученого Бакстера Стокмена и нашла файлы, подтверждающие его сотрудничество с Кланом Фут. Также у нее есть информация, что этой ночью ниндзя собираются вызволить Шреддера во время его конвоирования в тюрьму. Черепашки пытаются помешать освобождению злодея, но того спасает Стокмен, активировавший телепорт. Мужчина оказывается на базе инопланетянина Крэнга. Пришелец рассказывает ему, что когда-то задумал захватить Землю и отправил на планету машину, позволяющую открыть портал в его измерение. Но при вхождении в атмосферу устройство распалось на три части. Одна из них находится у Стокмена, а две другие инопланетянин поручает найти злодею и дает в помощь необычное вещество. Эйприл становится свидетельницей встречи Бакстера и Шреддера, который привел в лабораторию двух глуповатых бандитов, перевозившихся с ним под конвоем, Рокстеди и Бибопа. Ученый испытывает на них жидкость, подаренную Крэнгом, и преступники превращаются в антропоморфных животных - носорога и дикого кабана...

Черепашки-ниндзя 2