По мотивам одноимённого романа Сюсаку Эндо. XVII век. Проповедование Евангелия в Японии вызвало негодование местных властей. Они начали бороться с распространением христианства, устраивая гонения и подвергая верующих жестоким пыткам. Два молодых иезуита Себастьяно Родригес и Франсиско Гарупе, учащиеся в Макао в университете святого Павла, наконец-то получают долгожданную весть из Японии от священника Кристовао Феррейры, сыгравшего важную роль в их духовной жизни. С тех пор, как письмо было написано, прошло несколько лет. Обстоятельства изменились, и отец Алессандро Валиньяно сообщает Себастьяно и Франсиско неприятную новость: за это время Кристовао не выдержал пыток, отрекся от Бога и теперь живёт другой жизнью. Но парни не верят его словам и считают такую информацию необоснованными слухами. Вдвоём им удаётся уговорить Валиньяно отпустить их в Японию с целью разыскать Кристовао. С помощью рыбака-пьяницы Китидзиро, который когда-то был прилежным христианином, они добираются до островов. Надежды на скорую встречу с Феррейрой очень быстро тают. Ко всему прочему Франсиско и его напарник вскоре сталкиваются с испытаниями, проверяющими на прочность их веру...

Молчание